Biophysicienne, Stéphanie Bonneau a préparé sa thèse au muséum national d'histoire naturelle dans le laboratoire de Claude Hélène, puis a travaillé au sein du laboratoire de neurophysique cellulaire du centre universitaire des Saints-Pères. Professeure de physique à Sorbonne Université, elle mène depuis 2012 ses activités de recherche au laboratoire Jean Perrin, unité mixte du CNRS. Elle s'intéresse à la dynamique et au maintien hors équilibre des systèmes biologiques.

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